主要区别有：法律法规依据的区别、通过的方式的区别、公告内容的区别、处分的方式的区别。
一、法律法规依据的不同
企业年检以《企业年检办法》为依据，
年度报告以《企业信息公开暂行规定》为依据。
二、通过的方式的不同
年检是企业向工商部门提交年检报告及相关资料，由工商部门审查企业是否存在问题 ;
年报是企业向工商部门提交年检报告并予以公布。向社会公布企业对年度报告的及时性和真实性负责。
三、公告内容的不同
年度检验只公布“通过”和“不通过”的标志，
年度报告公布企业填写的所有内容(经营者选择未公布的内容除外)。
四、处分的方式的不同
不参加年检的，依法给予行政处分，直至吊销营业执照。
年报逾期不报告的，依法列入异常经营情况表。
