(一)认缴出资额注册的缺点
1、义务制度不健全：
有限责任公司公司便是依照公司的注册资产对公司担负比较有限的义务，而如今认缴出资额资产，经营不佳的话拍一拍屁股就离开了，负责任变成空谈，对公司很不好。
2、空壳子、骗子公司公司增加：
注册步骤简单化相对性于注册公司的人也就越多，稂莠不齐，之前的骗子公司公司很有可能弄个假的营业执照坑人，聪明的人查一下信息内容就不容易上当了。如今骗子公司注册的也是真公司，针对一般的老百姓而言辨别骗子公司的难度系数也大大增加了。
(二)实缴注册的缺点
1、实缴制必须占有公司的资产，减少了公司资产的运营效率。实际中，由于此项制度的拘束，无形中造成了很多抽资资产及其由代理商公司虚假出资而虚报注册的情况，尽管公司备案的注册额度表层上看比较充裕但公司自身却通常已无相对应财产，一旦产生矛盾，债务人却又因质证工作能力限定导致支配权没法维护。
2、市场监督管理行政机关管控不到位等要素，这时，注册资产实缴制度不仅变成 空设，并且无形中变成 公司是股东避开义务的一种方式。因而，此项制度的创建不仅在一定水平上抑制了加盟创业的热情，并且不适合市场经济体制的发展趋势。也正是这般，国务院办公厅发布了公司注册资产备案制度改革创新。
